デフォルトでは GTK3 用のツールバーが使用されるため,GTK2 を使っている Xfce パネルと外観が揃わないのが原因。
GTK2 用のツールバーを使用するよう明示的に指定すれば解決する。
$ sudo update-alternatives --config uim-toolbar
alternative uim-toolbar (/usr/bin/uim-toolbar を提供) には 6 個の選択肢があります。 選択肢 パス 優先度 状態 ------------------------------------------------------------ * 0 /usr/bin/uim-toolbar-gtk3-systray 90 自動モード 1 /bin/true -100 手動モード 2 /usr/bin/uim-toolbar-gtk 60 手動モード 3 /usr/bin/uim-toolbar-gtk-systray 70 手動モード 4 /usr/bin/uim-toolbar-gtk3 80 手動モード 5 /usr/bin/uim-toolbar-gtk3-systray 90 手動モード 6 /usr/bin/uim-toolbar-qt4 50 手動モード 現在の選択 [*] を保持するには Enter、さもなければ選択肢の番号のキーを押してください:
以上のような選択肢が提示される。
このうち,/usr/bin/uim-toolbar-gtk-systray の番号(この場合は「3」)を選択し,エンターキーを押す。
忙しい時ほどついどうでもいいことを調べてしまうのはどうしたことか......
2017/07/07追記:
Stretch から Buster にアップデートしたら何故か *-systray の登録が外れてしまっていたので,以下のようにして再登録。
$ sudo update-alternatives --install /usr/bin/uim-toolbar uim-toolbar /usr/bin/uim-toolbar-gtk-systray 80
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